Lo de los puntos. Verifica con un calibre la altura a la mesa desde la barra redonda. Me da que tienes un punto del frontal más alto que ellos otros. Para compensar, puedes imprimirme unas piezas que hagan de pie, puestas debajo de la pieza frontal que aguanta las dos barras.
El tema offset, depende de cada caso, hay muchas variaciones de temperatura en la sala que usas la impresora?
Para reducir la velocidad de home, deberías modificar el firmware. No es muy complicado, pero si entretenido.
La solución de la almohadilla puede darte algún problema de repetitividad, aunque parece que puede ser efectivo.